کتابخانه‌مرکزی و مرکز اسناد دانشگاه علوم پزشکی تهران از مهمترین ارکان معاونت پژوهشی بوده که عهده‌دار امر تهیه منابع اطلاعاتی چاپی، الکترونیکی و هماهنگی و انتظام امور ۳۱ کتابخانه‌های تابعه دانشکده‌ای، بیمارستانی و مراکز تحقیقاتی دانشگاه می‌باشد. این کتابخانه با توجه به انتخاب نظام نیمه‌متمرکز کتابداری جهت اداره کتابخانه‌های تابعه، متولی امر خطیر فراهم‌آوری و در دسترس قراردادن منابع اطلاعاتی می‌باشد.
در بیانیه ماموریت سازمانی کتابخانه‌مرکزی و مرکز اسناد دانشگاه، ماموریت این واحد «تامین کلیه منابع علمی چاپی و الکترونیکی مورد نیاز گروه‌های علمی واحدهای مختلف دانشگاه به منظور ارتقاء کیفی و کمی فعالیت‌های پژوهشی، آموزشی و بهداشتی، درمانی در سطح دانشگاه» و چشم‌انداز فعالیت واحد «دسترسی جامع، آسان و سریع کاربران به کلیه منابع علمی علوم پزشکی با تکیه بر فناوری اطلاعات» عنوان شده است.
ضمنا لازم به ذکر می‌باشد جامعه استفاده‌کننده شامل اعضای هیئت‌علمی، اساتید، دانشجویان و کلیه کاربران سراسر دانشگاه می‌باشند.